本縣衛生機構設置自民國前7年，迄今已有100年以上歷史。期間歷經6個階段：
一、第1階段是日據時代，衛生保健業務由澎湖廳警務課衛生係負責。

二、第2階段是光復初期，民國35年由澎湖縣政府民政科衛生股負責保健工作。

三、第3階段於民國37年1月正式成立衛生院，內設總務、醫政、保健、防疫3股，同時為普及各鄉鎮公共衛生業務，逐年在各鄉鎮設立衛生所（37年1月成立 望安鄉、七美鄉等衛生所，38年4月成立馬公鎮、湖西鄉、白沙鄉、西嶼鄉等衛生所），至此衛生保健初具規模。

四、第4階段是積極開拓時期，與省立澎湖醫院合建辦公廳舍集中辦公，使衛生行政與醫療實際相配合。

五、第5階段於民國51年4月，依省府令頒布之衛生機關組織規程，將衛生院改為衛生局，計設有1、2、3、4、5課、人事、主計等單位；另為因應衛生業務日趨擴增，內部單位亦歷經3次修編（73年9月、82年10月、85年10月）。後又依澎湖縣政府組織自治條例規定，重新訂定本局組織規程，於89年1月1日起將課室名稱更改為醫政藥政課、食品衛生課、保健課、疾病管制課、檢驗課、企劃課、總務室、人事室、會計室、政風室等單位，人員編制34人。

六、第6階段於96年7月1日起，為明與縣府之隸屬關係，於稱銜冠上「政府」二字及配合澎湖縣政府組織自治條例修正，據此修訂本局組織規程及編制表，將原機關全銜「澎湖縣衛生局」更名為「澎湖縣政府衛生局」。再於100年7月1日起，本局組織修編案奉考試院核定，將單位名稱修正為醫政科、食品藥物管理科、保健科、疾病管制科、檢驗科、企劃科、行政科，上開七個科之主管，改為「科長」，其餘單位維持現有名稱。原各課室同仁之職稱為「課員」者，改為「科員」，職員編制精簡為32人。另因應業務需求，102年1月1日起企劃科更名為企劃資訊科。

七、本縣各衛生所原隸屬於衛生院，自民國49年起改隸各鄉鎮公所，復於民國63年7月，為解決地方衛生醫療需要，加強衛生局的指揮監督功能，又更改隸屬衛生局。同時各鄉鎮在偏遠地區暨離島設立衛生室，民國63年間，先後設立了白沙鄉吉貝村、鳥嶼村、望安鄉將軍村、東坪村、西坪村、東吉村、西吉村(遷村後廢掉)、花嶼村等8個衛生室；民國67年增設白沙鄉員貝、大倉、馬公虎井、桶盤等4個衛生室；民國69年再增設馬公五德（於90年10月24日升格為馬公市第二衛生所）、湖西鄉鼎灣等2個衛生室；民國77年增設西嶼鄉內垵衛生室。目前本局所屬單位計有馬公市第一、馬公市第二、湖西鄉、白沙鄉、西嶼鄉、望安鄉、七美鄉衛生所等7所、衛生室13處及慢性病防治所（成立於民國61年7月，機關名稱為澎湖縣結核病防治所，又於民國78年2月變更為澎湖縣慢性病防治所），馬公市第一衛生所於90年10月24日更名（原稱銜為馬公市衛生所），同時原五德衛生室升格為馬公市第二衛生所。

八、第七階段是組織再造期：為強化本縣人口數較多離島醫療服務、造福離島居民，將所屬白沙鄉吉貝、鳥嶼及望安鄉將軍等3個衛生室於108年1月1日正式升格為衛生所(吉貝衛生所、鳥嶼衛生所、將軍衛生所)，另澎湖縣立慢性病防治所隨時空因素變遷功能式微，爰此，配合於108年1月1日正式廢止並同步改設為澎湖縣馬公市興仁衛生所。


九、辦公廳舍由於工商業之發達、社會結構變遷，不敷使用，故爭取上級補助興建，辦公廳地址為馬公市中興里忠孝路1號，於民國69年8月遷入辦公。又於民國75年因公共衛生及醫療保健業務迅速發展，為方便民眾洽公之便，故籌劃遷址，經協調有關單位，再於76年3月遷入現址（馬公市中正路115號），並向上級爭取經費，重新整修，繼續加強為民服務工作。